История острова Спиналонга очень древняя: археологические раскопки показали, что здесь некогда возвышался храм двух великих влюбленных, богов Афродиты и Ареса, которым поклонялись местные жители. Также на острове находилось святилище, служившее местом проведения различных ритуалов, и древний Акрополь.
В 1579 году, венецианцы захватили территорию острова и построили на месте Акрополя свою крепость. Регион начал стремительно развиваться, когда здесь открыли добычу соли. Неприступная крепость обеспечила острову Спиналонга надежную защиту не только от пиратов. После захвата всей территории Крита турками в 1669-ом году, Спиналонга осталась единственным владением венецианцев, и они не отступали отсюда вплоть до 1715 года. Живущие на Крите христиане могли найти на Спиналонге спасение от принудительного обращения в ислам. Когда остров всё же капитулировал, турки построили на месте венецианской крепости деревню. Деревня эта служила обителью турецкой знати. Остатки крепости сохранились на острове по сей день, а в качестве памятника храбрости византийцев, на острове Спиналонга была построена уникальная церковь, представляющая собой православную и католическую церкви, расположенные под одной крышей. Это служило своеобразным символом единения греков и итальянцев.
